【糖尿肾】生信分析文章的套路是如此简单
最近小编在检索文献时发现了在本月初发表在《Chemical Research in Toxicology》(IF 3.274)的文章，关于高糖诱导的糖尿病肾病细胞模型中的DNA甲基化和转录组改变，以及鉴定丹参酮IIA治疗的新的靶基因。
我们一起走进这篇文章，感受作者的总体思路。
糖尿病肾病（DN）是一种糖尿病并发症，由于肾素血管紧张素过度激活、促炎因子过多，活性氧过度产生以及潜在的表观遗传变化。 丹参酮IIA（TIIA）是一种二萜醌植物化学物质，通过抑制高糖（HG）引起的ROS，它具有强大的抗氧化、抗炎的作用，对表观遗传基因和多种疾病（包括糖尿病肾病）具有保护作用。 然而，目前国内外科研人员对糖尿病肾病的基因组和转录组以及丹参酮IIA的保护作用研究甚少。
作者通过绘制热图分析了差异表达基因。HG=高糖组，LG=低糖组。
作者在HG 与 LG以及丹参酮IIA组与 HG中分析了彼此间RNA表达量和甲基化水平变化的关系，被注释的基因至少有一个甲基化水平与RNA表达变化呈负相关的CpG cluster。
作者对Fgl2、Gulo、Kcnip和Nmu基因的DNA甲基化做深入探究。茎长代表着甲基化比值，0以上是甲基化增加，0以下是甲基化减少，圆圈面积代表每个簇的CpG数量，不同颜色的圆圈代表不同甲基化区域。
这两幅图显示的是差异基因参与到的不同通路。
得出以下结论：让我们更能了解表观遗传修饰如何影响糖尿肾病的发生发展，以及了解到丹参酮IIA对糖尿肾病如何具有保护作用。
通过对此文的解读，我们可以理出生信分析文章的大致思路：
因此，生信分析对科研人员来说，有一定难度，但是一旦你掌握了这项技能，那无疑是发文章最省时省力的方式了，小编特别建议经费少的科研人员不妨花时间学习生信分析。
一句话，这篇文章作者是在培养细胞里提取总RNA，反转录cDNA，然后测序，分析筛选差异表达基因。
我们一起走进这篇文章，感受作者的总体思路。
糖尿病肾病（DN）是一种糖尿病并发症，由于肾素血管紧张素过度激活、促炎因子过多，活性氧过度产生以及潜在的表观遗传变化。 丹参酮IIA（TIIA）是一种二萜醌植物化学物质，通过抑制高糖（HG）引起的ROS，它具有强大的抗氧化、抗炎的作用，对表观遗传基因和多种疾病（包括糖尿病肾病）具有保护作用。 然而，目前国内外科研人员对糖尿病肾病的基因组和转录组以及丹参酮IIA的保护作用研究甚少。
作者通过绘制热图分析了差异表达基因。HG=高糖组，LG=低糖组。
作者在HG 与 LG以及丹参酮IIA组与 HG中分析了彼此间RNA表达量和甲基化水平变化的关系，被注释的基因至少有一个甲基化水平与RNA表达变化呈负相关的CpG cluster。
作者对Fgl2、Gulo、Kcnip和Nmu基因的DNA甲基化做深入探究。茎长代表着甲基化比值，0以上是甲基化增加，0以下是甲基化减少，圆圈面积代表每个簇的CpG数量，不同颜色的圆圈代表不同甲基化区域。
这两幅图显示的是差异基因参与到的不同通路。
得出以下结论：让我们更能了解表观遗传修饰如何影响糖尿肾病的发生发展，以及了解到丹参酮IIA对糖尿肾病如何具有保护作用。
通过对此文的解读，我们可以理出生信分析文章的大致思路：
- 体外培养小鼠肾系膜细胞（低糖组、高糖组、丹参酮IIA组）、ROS检测。
- 总RNA提取、构建cDNA库、RNA-seq、methyl-seq。
- 以FastQC软件检查序列信息。
- 对24421个基因做图，分析差异表达基因。
因此，生信分析对科研人员来说，有一定难度，但是一旦你掌握了这项技能，那无疑是发文章最省时省力的方式了，小编特别建议经费少的科研人员不妨花时间学习生信分析。
一句话，这篇文章作者是在培养细胞里提取总RNA，反转录cDNA，然后测序，分析筛选差异表达基因。
